海坛岛地势低平，中部略高，最高点君山海拔434.6米，以丘陵，平原为主。地貌由白垩系石帽山群流纹岩、熔结凝灰岩、凝灰砂砾岩、粉砂岩、燕山期花岗闪长岩等构成，并有第四系海积平原和风积砂堆积，受新构造运动影响，形成三十六脚湖。岛上海蚀地貌十分典型，有罕见的花岗岩海蚀柱、风动石和球状风化花岗岩等，被誉为“海蚀地貌博物馆”。有世界上最大的天然花岗岩球状自然风化造型巨型石神海坛天神、举世无双的天下奇观石牌洋以及素有“石兽世界”之称的南寨石林群，还有“东海仙境”海蚀造型系列景观，其中仙人井、仙人峰、仙人台、仙人洞以及金光灿烂、神奇莫测的“金观音”，雄奇瑰丽，神秘诱人。