南普陀寺坐落在厦门大学边上与厦门万石植物园相邻，其最高点是五老峰。南普陀寺没有商业化，入寺免费，提倡只烧一炷香，不提倡大量烧香。可以先游过南普陀寺然后在五老峰处进入植物园，两者之间只隔着一个门。南普陀寺不大，到了五老峰就到头了。在南普陀寺的山上可以鸟瞰厦大和海滨。